唐末產生的內丹與符籙相結合的新的符籙道派，也是唐宋間融道教諸派精華新構成的重要道派。該派以其符法出於清微元始天尊，故名。據《清微仙譜》載：清微雷法由元始天尊所降，其後列有上清、靈寶、道德、正一諸宗道君高真，稱〝會道〞於唐末廣西零陵人祖舒祖元君，經郭玉隆、傅央火育、姚莊、高奭、華英、朱洞元、李少微、南畢道，傳至碧水雷檝真人黃舜申。祖舒遂成為清微派的實際創始人。《清微齋法》說朱洞元、李少微、南畢道都隱於青城山。南畢道將清微雷法授黃舜申，黃以擅雷法而聞名京師，宋理宗召見，書〝雷檝真人〞四字以贈，至元代又授其〝真人〞號，清微道教至此始大顯於世。《清微仙譜》：〝先生門弟幾百餘人，今清微道法大行於世，然得其樞奧闡揚〞。在其門徒中，有西山熊真息一支，傳行於南，後傳至濬儀趙宜真；另有張道貴一支，以武當為傳播中心，開武當清微派。清微派和神霄、淨明相近，皆以融合內丹修煉與符法外用為特徵，主張內煉為本，道法為用。重視自身內在的修煉，發明保養自身的真一之砼，即一點靈光，達到通變之神妙。並傳有《清微丹訣》行世，述丹、法之旨義。認為只要萬法具於一心，心若寂然不動，得太極之體，自然有感即通。宋元以後，清微派實已融為正一道的主要道派，在北京白雲觀所藏《諸真宗派總簿》中所列清微派有九支之多，其中有清微派目、有三茅真君各傳的清微派、有正一天師清微派。《東嶽廟志•靈濟先祠神牌表》還祠列有自明代一至十五代的清微祖師宗譜。至今，清微道法仍廣為流傳。在《道藏》中收錄清微派道書主要有《清微仙譜》、《清微丹訣》、《清微齋法》、《清微神烈秘法》、《清微元降大法》等，《《道法會元》中並收有清微雷法多種。
宋代出現的新符籙派。該派自稱出於清微天玉清元始天尊，故以清微名其宗。又謂其教在元始天尊傳法後衍而為真元、太華、關令．正一四派，至十傳乃由祖舒元君會四派而為一，始立清微宗派。下遞傳郭玉隆、傅央?、姚莊、……朱洞元、李少微、南畢道、黃舜申，(《見《清微仙譜》、《清微齋法》)據此其創始人為祖舒(據《歷世真仙體道通鑒續編》卷五《祖舒傳》禰其為唐人)，此說是否可信，尚待研究。從現存資料看，從祖舒到南畢道幾代，事蹟簡略、傳徒也少，那時是否形成有影響力的道派，實難斷定。至黃舜申時，清微派始顯名於世。據陳采《清微仙譜》，黃舜申（1224——?)，名應炎。福建建寧人。幼穎悟，經吏百家，靡不貫通。年十六。侍父于廣西幕府，遇官于廣西的南畢道，授以清微雷法。宋寶祐(1253—1258)中曾任檢閱、以雷法名世。宋理宗召見，賜號雷淵真人。至元丙戌(1286)應詔赴闕，未幾，乞請還山，制授雷淵廣福普化真人。他是清微派的著述大師，“覃思著述，闡揚宗旨，而其書始大備”。現《道藏》所收清微派著作，大多出於黃舜申及其門人之手。清微派主要修持清微雷法。與神霄派一樣，主張將雷法與丹法相結合，而以內煉為主，符籙為輔。《清微齋法》卷上：“蓋行持以正心誠意為主。心不正，則不足以感物；意不誠，則不足以通神。神運于此，物應於彼，故雖萬里，可呼吸於咫尺之間。”又說：“將吏只在身中，神明不離方寸。”將吏、神明皆指施行雷法時所劾召的鬼神，意謂能劾召他們，全憑作法者有深厚的內煉工夫。故該派著《清微內訣》，專言內丹修煉之道。《清微仙譜》謂黃舜申有弟子近百人。《歷世真仙體道通鑒續編·黃雷淵傳》稱：“其所度弟子，皆立石題名，立石之前者三十人，立石之後者五人而已”。此五人分為兩支向南、北傳播：一支以福建建寧為中心，傳行于南。此支由其弟子熊道輝(號真息)所傳，始傳安城彭汝勵，彭傳曾貴寬(號塵外)，曾傳浚儀趙宜真(號元陽)，而入於明。另一支以湖北武蘭山為中心，傳行於北，由黃舜申傳武當山張道貴、葉雲萊、劉道明，再由此三人傳張守清。張守清弟子甚眾，後形成與全真、正一相結合的清微支派，又稱新武當派，傳衍不絕。明清時期，除張守清所創新武當派繼續傳衍于武當地區外，北京東嶽廟又有另一清微支派在傳衍。據日人小柳司氣太《白雲觀誌)卷五《東嶽廟誌》，該廟靈濟先祠所供之方丈牌位，除祀有東嶽廟創建人張留孫、吳全節外，主要供奉明清民國時期住持該廟的歷代清微派祖師。其中一牌位書“明朝清微派第一代禹祖諱貴黌神位”，另一牌位書“皇清羽化清微派第四代諱守誼劉公霞靈之位”(第二、三代缺祀)。所尊之第一代禹貴黌(曾任南京朝天宮道錄司右玄義)，當為此派之開祖，約為明中後期人。第四代之後，依次立牌，直至第二十一代。從所列名中，可看出四至二十一代的派字依次為；守、全、真、道、正、德、存、誠、傳、尚、賢……。葉郭立誠在1939年作過一次東嶽廟調查。獲該廟一首宗派詩雲：“貴崇應守全真道，正德存誠傳尚賢，源潔宜良明化吉，洞中清泰幕紅顏”。(載《民俗叢書》之《北平東嶽廟調查》)此詩與上述牌位所記之派字完全吻合，證明至民國時，該派仍在此廟承傳不絕。《諸真宗派總簿》又收有派字各異的另外八個清微支派，表明至民國時，清微派所衍的支派很多。另外，據《金蓋心燈》，龍門派第八代呂守璞和第十二代費陽得都曾兼傳清微法，《呂雲隱律師傳》：呂守璞“於清微為二十四代，于龍門為八代律師。”表明清微派自元初傳入武當時起，即與全真相融合的傳統，至清代仍相沿未變。